... einen Teil der Anfrage beantworte ich mir selbst, gefunden in http://chronikstar.mannheim.de/index.php?start=1665&sort=8
1. August 1866: Preußische Truppen des 17. Landwehrregiments und des 32. preußischen Infanterieregiments werden nach dem Vorfrieden von Nikolsburg in Mannheim einquartiert. Die Behörden müssen dabei Vorsicht walten lassen, um Konflikte mit der Bevölkerung zu vermeiden.
9. August 1866: Ein Bataillon vom 39. Infanterieregiment sowie zwei preußische Husarenschwadronen rücken in die Stadt.
13. - 18. August 1866: Hessische Truppen marschieren durch Mannheim in Richtung Heimat. Spontane Sympathiekundgebungen für das befreundete Nachbarland arten in antipreußische Demonstrationen durch Mannheimer Einwohner aus.
27. August 1866: Die preußischen Truppen verlassen Mannheim, nachdem sie den Behörden für die freundliche Aufnahme gedankt haben.
Bleibt noch die Frage nach Heidelberg, anderen besetzten Regionen in Baden und ... natürlich Belege!